Den föräldralöse Guy Ligier började med att arbeta som hantlangare till en slaktare. Men han sparade tillräckligt med pengar för att så småningom köpa en begagnad grävskopa och började arbeta inom anläggningsbranschen. Ligier blev förmögen när Frankrike byggde sitt nuvarande system av motorvägar på 1950-talet och 1960-talet. Ligier hade tidigare spelat rugby för Frankrike och var en tävlingsmänniska och med pengar i fickan bestämde han sig för att satsa på motorsport. Han provade att tävla med motorcyklar, i Formula Junior, med sportbilar från Porsche och i F1. 1966 körde han en Cooper-Maserati och 1967 Brabham-Repco, men utan några större framgångar. 1968 ställde Ligier tillsamans med Jo Schlesser upp med två McLaren F2-bilar.
När Schlesser omkom i en olycka slutade Ligier att tävla och beslöt sig istället för att bygga sportbilar vid högkvarteret i Vichy. Han anlitade den unge ingenjören Michel Tetu, som kom från Charles Deutsch's Automobiles CD. Tetu konstruerade Ligier JS1, där JS stod för Jo Schlesser, som utrustades med motorer från Cosworth. JS1 både tävlades och såldes. Motorerna ersattes sedan av motorer från Maserati, som då ägdes av Citroën, och under en period såldes Ligier-bilarna hos Citroën's återförsäljare. 1971 körde Ligier och Patrick Depailler en Ligier JS3 på Le Mans.
I slutet av 1974 bestämde Matra sig för att sluta tävla och sålde hela sin tävlingsavdelning till Ligier. Han övertygade det franska statsägda cigarettföretaget SEITA som tidigare hade sponsrat Matra att fortsätta sponsra Ligier. Nu satsade Ligier på F1 och en grupp ingenjörer från Matra under ledning av Gerard Ducarouge konstruerade Ligier's första F1-bil JS5. Den hade en Matra V12 motor och mycket stora luftintag. 1976 tog Laffite pole position i Italiens GP.
1977 vann JS7, som var en modifierad JS5, Ligier's första F1-seger i Sveriges GP. Dessutom var det första gången en fransman i fransk bil med en fransk motor som vann ett GP. 1978 kom JS9 men framgångarna uteblev och man bytte till motorer från Cosworth.
1979 hade Ligier två bilar med som kördes av Laffite och Patrick Depailler. JS11 hade en ground-effect design som var effektiv och Laffite vann de två första loppen i Argentina och Brasilien. Depailler vann Spaniens GP och konstruktörstiteln verkade vara inom räckhåll. Men i mitten på säsongen kom konkurrenterna Ferrari, Brabham och Wiiliams ikapp samtidigt som Depailler skadades i hängflygningsolycka. Ersättaren Jacky Ickx var inte lika snabb och till slut kom Ligier på tredje plats i mästerskapet.
Ducarouge konstruerade om bilen inför 1980 till JS11/15 som kördes av Laffite och Didier Pironi. Man vann flera lopp men en smula otur gjorde att man fick nöja sig med andra plats i mästerskapet, samtidigt som Pironi gjorde Ligier besviken genom att gå till Ferrari.
I mitten av 1980 började Talbot prata med Ligier om att återlansera den en gång berömda märket och Ligier gick med på att sälja en del till dem. Man planerade att använda turbomotorer från BMW, men blev tvungna att återgå till den gamla V12:an från Matra i JS17. Som ersättare för Pironi var Jean-Pierre Jabouille tänkt, men hans ben blev inte helt återställda efter en tidgare olycka och istället körde Patrick Tambay för Ligier. Laffite tog två segrar och stallet blev fyra i mästerskapet. Tyvärr lämnade Ducarouge stallet efter en dispyt och Jabouille placerades i ledningen.
Talbot ville göra ett bra intryck i USA och valde 1982 Eddie Cheever som ersättare för Tambay. JS17 modifierades till JS17B men när Ligier förbjöds att använda de bakre ground-effect kjolarna tappade bilen konkurrenskraft. Under tiden köptes Talbot av Renault som inte var intresserade av F1, då. Det innebar att efter säsongen lämnade både Laffite och Cheever stallet.
Utan pengar gick det trögt för Ligier och JS21 som hade en motor från Cosworth. Man byggde dock sitt först kolfiberchassi med hjälp av Advanced Composites i England, men man lyckades inte ta några poäng 1983.
Inför 1984 lyckades dock Ligier tack vare goda kontakter med de franska regeringen att dels få garantier om leverans av turbomotorer från Renault och dels sponsorpengar från statliga Elf-Antar och Loto. Ligier anlitade den unge aerodynamikern Henri Durand för att bygga JS23 med Andrea de Cesaris och Francois Hesnault som förare. Med JS23 som bas byggde man även en Indy-bil för Mike Curb, som dock misslyckades att kvalificera sig på ovalerna. Eftersom Curb inte betalade sina åtaganden lades Indy-stallet ner.
Tack vare att Renault Sport lades i slutet på 1984 kunde Ligier åter knyta konstruktörerna Ducarouge och Tetu till sig. Samtidigt återvände Laffite för att köra tillsamans med de Cesaris. Laffite tog 16 poäng med Ligier-Renault JS25 och Ligier tog sjätte plats i mästerskapet.
Till 1986 konstruerade Tetu Ligier-Renault JS27 och Laffite körde tillsamans med Rene Arnoux. Tyvärr bröt Laffite bägge benen i juli och ersattes av Philippe Alliot, men stallet lyckades ändå bli femma i mästerskapet. Det var sista säsongen med Renault-motorer och dessutom slutade Larrousse för att starta sitt eget stall. Ett byte till motorer från Alfa Romeo gick om intet när Alfa Romeo beslöt sig för att avbryta F1-satsningen och 1987 var Ligier tvungna att i JS29 snabbt byta till motorer från Megatron, som var före detta BMW-motorer. Ligier fick en enda poäng i mästerskapet.
Eftersom reglementet skulle ändras och förbjuda turbomotorer till 1989, beslöt Ligier att använda motorer från Judd 1988. Tetu konstruerade den udda JS31 som hade bensintanken mellan chassit och motorn. Konstruktionen fungerade inte och Tetu sparkades. Samma år flyttade stallet till Magny-Cours, och inför 1989 anlitade Ligier flera utländska konstruktörer för att rita JS33 med Cosworth DFR motor. Tyvärr blev konstruktionen ett hastverk och man fick bara ströpoäng.
Även 1990 blev ett misslyckande för Ligier med få poäng. 1991 använde man V12-motorer från Lamborghini, men JS35 var ingen bra konstruktion och kräftgången fortsatte. Men i slutet på året bytte Ligier ut flera personer och fick bland annat tillbaka Ducarouge.
1992 använde man V10-motorer från Renault och världsmästaren Alain Prost provkörde för Ligier men krävde en andel i stallet, vilket Ligier inte ville ge honom. Men stallet fick återigen bara ströpoäng och när Guy Ligier blev utbuad av massorna i Monaco valde han att sälja 21% till Cyril de Rouvre i mitten av säsongen. Efter säsongen valde han att sälja ytterligare 69% och drog sig tillbaka från F1 för att istället bygga upp ett nytt företag som arbetade med gödselprodukter.
1993 anlitade de Rouvre engelsmännen Mark Blundell och Martin Brundle som förare och Ducarouge konstruerade den lyckade JS39. Med den tog stallet flera pallplatser och man slutade på femte plats i mästerskapet. Men under hösten arresterades de Rouvre och under vintern köptes stallet av Benetton's Flavio Briatore.
Till 1994 utvecklade Ducarouge JS33B som gav ett par pallplatser, men till 1995 tog Benetton över motorerna från Renault. Samtidigt kom Tom Walkinshaw från Benetton in i stallet varpå flera personer byttes ut. Benetton-kopian Ligier JS41 fick dock ihop några poäng och Ligier kom på femte plats totalt. Walkinshaw försökte köpa stallet men hindrades av Guy Ligier, och våren 1996 lämnade Walkinshaw stallet och gick till Arrows. Oliver Panis lyckades vinna Monacos GP 1996 men resten av säsongen gick dåligt.
Inför 1997 konstruerades Ligier-Mugen JS45 med motorer från Honda med Panis och japanen Shinji Nakano som förare. Strax efter bilens presentation sålde Briatore stallet till Alain Prost. Prost fullföljde säsongen, men döpte sedan om stallet efter sig själv och Ligier's historia upphör.