Charles Cooper byggde sin första racerbil 1936 baserad på Austin Seven. Efter andra världskriget beslöt sig Charles och hans son John Cooper att bygga en racerbil för den nya halvlitersklassen. De använde en JAP motorcykelmotor som placerades bakom föraren i chassi som var baserat på komponenter från en Fiat Topolino. Modellen var mycket framgångsrik och Cooper sålde massor eftersom klassen expanderade kraftigt.
1951 döptes klassen om till F3 och Cooper-chassi användes i hela Europa. Samma år konstruerade Cooper en F2-bil, som började bli framgångsrik 1952 med Bristol-motorer. 1953 använde de flesta Alta-motorer och framgångarna fortsatte.
1954 infördes F1-reglementet med större 2,5-liters motorer vilket inte fungerade i det lätta Cooper-chassit. 1957 användes dock 1,9-liters Climax-motorer och bland annat Stirling Moss tog några imponerande vinster i den undermotoriserade Coopern under 1958. Nästa år borrades Climax-motorn till 2,5-liter och bilen blev konkurrenskraftig igen. Både Stirling Moss, Jack Brabham och Bruce McLaren tog flera segrar 1959 och Cooper vann konstruktörstiteln.
Andra stall använde motorer från Maserati, Borgward, OSCA och Ferrari, men så småningom började fler stall lära sig att använda mittmotor och Cooper's framgångar avklingade. Först och främst Bruce McLaren tog dock ett antal segrar och andraplatser till och med 1964.
Under 1964 dog Charles Cooper och inte långt senare skadades John Cooper allvarligt i en trafikolycka. Ledningen av Cooper-stallet togs över av Ken Tyrrell, men 1965 sålde John Cooper företaget till Chipstead Motor Company och drog sig tillbaka. Fabriken flyttades från Surbiton till Byfleet.
Stallet fortsatte dock att visa framgång. Bruce McLaren tog några segrar innan startade sitt eget stall 1967. Sista segern tog Pedro Rodriguez tog stallets sista seger i januari 1967, men efter det uteblev framgångarna. Istället drabbades man av olyckor och i slutet av 1967 lades stallet ner.
Namnet Cooper är snarare mest känt för sina trimmade versioner av hundkojan, som var extremt framgångsrika inom standardbilsracing under många år. Det gjordes totalt 150'000 Mini Cooper innan tillverkningen upphörde 1971. På åttiotalet kunde John Cooper Garages börja sälja nya konverteringssatser när en ny generation Mini-entusiaster fick upp ögonen för hundkojan.
Namnet Cooper ingick även i BMW's köp av Mini, och nu har en ny generation trimmade Mini's lanserats som John Cooper Works Edition.