Cistalia grundades 1946 i Turin av industrialisten Piero Dusio och racerföraren Piero Taruffi. De kontrakterade Dante Giacosa för att konstruera och bygga en tävlingsbil baserad på Fiat med en motor på 1100cc. Det blev modell D46 som visade sig bli mycket konkurrenskraftig. Dusio vann den första tävlingen med Louis Chiron på tredjeplats. Även Tazio Nuvolari var framgångsrik.
Framgångarna fortsatte 1947 med flera vinster. Samma år byggde man även sportbilar som tävlade med vissa framgångar. Bland annat kom man på andraplats i både Mille Miglia och i Targa Florio.
Samma år blev man även tillfrågad av Porsche's italienska distributör Carlo Abarth som tävlade med en Cistalia i Scuderia Scagliarini, om man kunde bygga en F1-konstruktion som gjorts av Ferdinand Porsche. Dusio nappade direkt, men typ 360 var en komplicerad konstruktion med en boxertolva på 1500cc som behövde mycket utvecklingsarbete.
Typ 360 var klar 1948, men tävlades inte mycket och nådde inga framgångar heller. Men snart började pengarna ta slut och Piero Dusio tvingades stänga fabriken 1949. Sportvagnstillverkningen togs över av Carlo Abarth's stall Abarth Corse, och Piero Dusio flyttade till Argentina. Han tog med sig F1-bilen till Argentina där den användes i några tävlingar under namnet Autocar.
Däremot fortsatte Abarth att tävla med modellen D46 i F2 med Abarth-motorer till och med 1950 innan konkurrenterna från bland annat Ferrari och Simca-Gordini blev för starka.